作为以建设兵团形式存在的卫所军，在明后期已经逐步由军队变成了专业农民业余兵，而军屯的土地也大量被地方军头和王公勋戚所侵吞，屯田的军户也逐渐变成了这些人的农奴，景况甚至比租种地主土地的佃农还悲惨得多。所以明末的卫所军中出现大量的逃役，导致军中空额状况严重，战斗力也下降到惨不忍睹的程度。执委会从很早之前就把卫所军的实力定位为战五渣，这其中并不是没有道理。
《明神宗实录》中有记载，当时的全国耕地中，仅仅是皇室和官绅所占有的不纳粮的土地，竟然就已经超过了耕地总面积的一半，帝国失去了大量的税赋，致使整个明朝的中后期国家财政一直都处于非常惨淡的境地。崇祯上台后，国库每年的进账甚至还不如扬州的盐商。