崖州城北临宁远河，只设有东西南三道城门。而城内靠北边的这片区域，被百姓们称为“官城”，即崖州各个衙门和地方官员居所的所在地。明朝的地方官僚体系基本是按照“三司”来分配，即承宣布政使司、都指挥使司、提刑按察使司，这三司分管行政、军事、司法的职能，通过分权的方式来限制地方官的权力。崖州虽然只是个小地方，但这三权分立的体系同样是有完整的设置。
崖州的行政司法体系简单来说，主要官员有从五品知州一人，作为二把手的从六品同知以及掌管司法治安的从七品通判数人，管理吏员的从九品的吏目一人，负责教育系统的儒学学正一人、训导三人。当然，下属的各县还有各自的知县、县丞、主簿等低级官员职位设置。
而崖州的军事体系的情况，要比行政司法体系复杂得多。