以宁夏总兵官、平虏伯萧如薰为“提督蓟辽保定山东等处防海御倭总兵官”，为此次东征朝鲜之主将，萧如薰还趁机召集了自己在宁夏的一批旧部，赵虎、王辉和陈燮三人榜上有名。
以兵部员外郎刘黄裳与兵部职方主事袁黄为军中赞画，辅佐主帅宋应昌。
以宁夏火器营五千、宣大弓弩手一万、山东枪兵一万、浙兵炮手五千、浙兵刀盾手一万共计四万余兵马组成东征朝鲜之军，各自限定日期于边境镇江堡集结待命，着工部发军械、鸟铳、火药于辽东镇江堡备用——朱翊钧点名兵部工部尚书亲自督造鸟铳，若前线传回鸟铳不可用、炸膛的消息，首先问责尚书！
另有五军三营参将刘綎上书以四川兵五千请战，皇帝赞许之，有山西总兵李如松以辽东骑兵五千请战，皇帝以为不可，令辽东所部兵马严守驻地，