杨元果断派人向全州守将陈愚衷求救，但陈愚衷却按兵不动，然后率部直接逃走。
内无守兵，外无援军，南原成了绝地。
第四天，日军填埋了护城河，并使用攻城梯攻上了城墙。
杨元见大势已去，决定带着余下的明、朝军队突围。
但朝鲜方面拒绝突围，杨元便杀出南门，向汉阳方向逃去，随后日军攻进城中屠城。
最终，杨元杀出重围，三千五百兵只剩四十三人。
内中，就有王维栋。
当时他一路护卫杨元死战，身中数创仍咬牙坚持，用杨镐的话说，真真正正从死人堆里爬出。
南原之战后，日军长驱直入，攻破全州，威胁汉阳。明军统帅麻贵被迫将各地守军召集到汉阳，这种局势直到后来稷山之战爆发后才得到转机。
浑身是血的杨元逃回来后，麻贵亲自接见了他，并对他说了一句话：“南原之败，非战之罪”。