说来有些复杂，漕运三巨头，漕运总督居首，巡漕御史次之，权力一样极大，唯有漕运总兵官是鸡肋，只管兵不管事，受制于漕运总督和巡漕御史，但在通仓守卫上，则是漕运总兵官的权责，漕运总督和巡漕御史都管不到。
从江南乃至湖广的粮食上船开始，一直到进入京通仓之前，都是漕运总督的权责，所以甚至包括长江航道沿线，从湖广到运河口，只要是漕船和漕船所经码头，涉及到漕运事务，漕运总督一样有权管辖。
这也形成了事实上的管辖重叠，所以这也是经常扯皮打官司，一直要打到户部工部甚至内阁层面。
当然漕运本身就和户部工部息息相关，漕运总督基本上和侍郎们平级，也多是由都察院、户部或者工部要员出任。