都察院那边也派来了两名御史前来，其中一人是前年以查缉假官假印案而名动京师的左光斗，另一个则是四川道监察御史宋本庆。
让御史来听案是叶向高的安排，对此，主持刑部事务的侍郎杨东明并无异议。
现对钦犯王曰乾的提审达到六次，而对孔学的提审则达到了九次，每轮参与审问的官员都不尽同，审问方式也各不相同。
到目前为止，王曰乾处所得口供六次皆为一样，而孔学则反复改口，一时称自己是被王曰乾诬陷，一时又称自己不知情，硬是不承认事涉谋反案。
对此，参与审问的官员皆认为王曰乾所供为实，孔学则是刁蛮狡猾，不肯如实招。
只孔学不肯如实招来，此案便无法坐实。有人提议动刑，却被刑部侍郎杨东明否决，认为若动刑则口供真伪易为人攻击。