领导人员一经确定，接下来便是确定研究院的名字及领导分工。经过三人协商，一致同意将北宁研究院定名为东海科技研究院，简称东海研究院；在兵部内部暂定为212研究所，用以纪念2月12日这个决定成立北宁研究院的日子。东海研究院院长由刘润新担任，书记由沈放担任；212所所长由刘润新担任，政委由吴秀亭担任。吴秀亭同时兼任东海研究院常务副院长，而沈放同时兼任212所的常务副所长。这样的安排可以保证锦衣卫和兵部共同把握东海研究院的科研成果。
随后的工作，便由刘润新和未来的两位合作伙伴共同来决定了。待吴大学士向首辅大人汇报工作后，人员的最终任命便会敲定下来，而刘润新也将拥有属于他的一个正式职务。