她所处的时代，美杜莎的故事，流传的版本相当之多，其中有一个非常出名的就是。海神波塞冬在雅典娜的神庙内强暴了童贞女祭司美杜莎，而处女神雅典娜难以忍受这样肮脏的事情在自己的庙宇内发生，却又因为同样身为主神，无法向波塞冬发难，最终满腔怒火倾倒给了受害者美杜莎，将她变作了怪物。
尽管如此，雅典娜的怒火仍未平息，多年后，小赫拉克勒斯的爷爷，英雄珀尔修斯，也在雅典娜的指引下，终于砍下了已经变成蛇发女妖的美杜莎的头颅，将其交给了智慧女神。
当然，也有版本说侵犯美杜莎的另有其人，雅典娜和波塞冬出面为她主持正义。亦或是美杜莎天生就是邪恶的蛇发女妖，是戈尔工三姐妹中最小的一个，她的两位姐姐永生，而美杜莎则是会被杀死的那个怪物。