原本青囊书院也算是鼎盛，在各地皆有分舵，常日里无非讨论些疑难杂症，编书画谱，十足十的是个学派。随着中医的发展，青囊书院也研习得了一些不传之秘，靠着零星的供奉，养了一些专研医道的门人。这些门人大多分两派，一派研习草木药方，一派研习灵物药方——也就是源于动物的药方。所谓牛黄狗宝夜明砂，都属于此类。
到了元朝，中原势弱，各大门派散的散，死的死，青囊书院审时度势，转入地下，常常不露人前，而是在山川隐秘处建府修宫，分部各地。西至蕃境，东至东海。门人四散各地，平日里并不联系，到了有需要的时候，或通书信，或登门拜求。
“我祖居怒晴县，知道瓶山有毒虫做害。只它们不犯村落，无非是在山谷里活动，便也没有在意。