但其地理学内涵是第一性的，它从各个方向有秩序、有条理地记叙各地的地理特征，包括自然地理特征和人文地理特征。
首先，《山海经》有自然地理记述。这包括记载了许许多多的山，如“堂庭之山”，“杻阳之山”，“青丘之山”“箕尾之山”等，而每座山的命名是根据山的地貌而定的，这些山也体现了山系的走势；以及极其丰富的水文记载，河流大都记明了源头和注入之处，河流的发源地可以在某一山麓，而它的注入处却远离此山，记述者对于水文的记载时也注意到河流干流的全貌，河流的经由虽不见记载，但是若干干流如黄河、渭水可以从许多支流流入其干道的情况了解到它们的大致流经区域。《山海经》记载了伏流河和季节河。“潜行于下”的河即伏流河。
其次，《山海经》还有人文地理记述。