最终元军受挫，付出了惨重的伤亡，不得不退回海上，却又遭遇了台风，最终只剩下一万三千人惨败而归。史称“永文战役”。
消息传到京城，忽必烈恼羞成怒。大元帝国横跨欧亚，面积何止小小日本的百倍？焉能容他猖獗！
于是再次调集了四万人马从朝鲜合浦原路出发，另外有十万人马从江南扬子江入海，乘坐三千五百艘战船扬帆向东，与从朝鲜出发的友军遥向呼应。
但日本幕府在第一次挫败元军之后已经预料到忽必烈定然会发动更加猛烈的复仇，因此一直在未雨绸缪，在沿海修建了许多石堤，让元军竟然找不到一处可以登陆的地点。
无奈之下，元军只能一直在浅海流域漂泊，期间多次遭到日本忍者、浪人的偷袭。战事持续了一个多月，元军非但没有踏上日本的土地，反而再次遇上台风，遭受了惨重的损失。