开篇剧情距离第一集过了三个月，政府特殊部门的负责人找到了在海边小镇居住的爱丽丝，希望她能带队进入浣熊市，找到她以前的同事威廉-柏肯博士，拿到其研究的g病毒样本，爱丽丝知道秘密基地的所在。
爱丽丝带着一队特种兵回到了浣熊市，因为携带病毒的老鼠跑出来，引发了生化危机。同时，安布雷拉公司派出的阿尔法特工小队也来抢夺g病毒，双方展开激战，爱丽丝的小队被伏击，死伤惨重，被迫分开。
然后爱丽丝遇到了因为迟到，错过就职仪式的警察里昂，两人遇到了给自己注射g病毒，变成怪物的威廉博士，并救了威廉的女儿雪莉。
爱丽丝开大pk怪物，掩护里昂带着雪莉和病毒样本离开了浣熊镇。
最终爱丽丝干掉了威廉，自己也因为爆炸掉进了河里，埋下伏笔。