因为曹操的残暴多疑滥杀，华佗便决定离开曹操，于是说：“收到一封家书，暂时回去一趟。”
华佗回家后，就说妻子病了，多次请求延长假期而不返。
曹操曾经多次写信催他回来。还曾命令郡县官员将华佗遣送回来，但是华佗厌恶为他役使以求食，华佗均以妻病为由而不从。
曹操很生气，便派人去查看；如果他妻子真的病了，便赐小豆四千升，放宽假期期限；如果欺骗，就逮捕押送。
结果华佗撒谎，于是用专车把华佗递解交付许昌。
华佗被迫再次诊断后，认为曹操的病因需要劈开头颅，加以麻沸散麻醉。动大手术，多疑的曹操认为华佗想趁机杀害他，便以刺杀的罪行将华佗关押进入牢狱。
经审讯验实，华佗只按汉律供认服罪——欺君之罪和不从征罪。并不服刺杀丞相之罪。
荀彧曾向曹操求情说：“华佗的医术确实高明。