到了明朝的时候海上交通的发展和郑和下西洋，沟通了与南洋各国的贸易和文化交流。各国在与中国定期和不定期的贸易交往中，也时常有一定数量的名贵木材，其中包括紫檀木。但是这对中国庞大的统治集团来说，远远满足不了需要，于是明朝政府又派官赴南洋采办。
到明朝末年，南洋各地的优质木材也基本采伐殆尽。尤其是紫檀木，几乎全被捆载而去。截止到明末清初，率当时世界所产紫檀木绝大多数尽汇集于天朝。清代所用紫檀木全部为明代所采，有史料记载，清代也曾派人到南洋采过紫檀木，但大多粗不盈握，曲节不直。根本无法使用。
这是因为紫檀木生长缓慢，非数百年不能成材，明代采伐殆尽，清时尚未复生，来源沽竭，这也是紫檀木为世人所珍视的一个重要原因。