为了与商会对接，机造司的司空全部都是女子，因此也录用了许多从格物院毕业的学生。之后由于各地工厂对于机械的需求庞大，机造司便从工部独立，成为了朝政系统中唯一全部由女子构成的机构。
虽说起源不同，实际工作上格物院与机造司的联系却颇多。毕竟改良机械除了实际试验也需要数理基础，而观测自然更是离不开精密的仪器。
不过也是由于起源不同，格物院和机造司的合作历来都有些磕绊。格物院的学士们认为当不了学士的才会去当司空，而机造司的司空们却觉得格物院都是同酸腐儒生一般不做实事吃闲饭的。
格物院和机造司只在一种情况下“同仇敌忾”，那便是在监国军提需求的时候。但凡监国军想搞个什么新武器，司空觉得造不出来的，便找学士去论证其不可行，两边把材料一合，