而幕府看中了这地方每年从贸易中获得的丰厚收益，便取消了其地方自治的待遇，转而列为由幕府直接统治的地区，这样长崎繁荣的跨国贸易所带来的赋税收入便可直接进入幕府的金库了。
不过由于1610年在长崎爆发的圣母号事件大大影响了日本和葡萄牙的关系，自1616年开始，幕府开始限制来自欧洲的商船所能停靠的港口。到1635年的时候，幕府规定葡萄牙人只能在长崎港完成贸易项目，并且将长崎港附近的出岛设定为葡萄牙人的定居点，不允许他们离开出岛进入长崎活动。
事实上到眼下这个阶段，仍然还在长崎做买卖的葡萄牙人已经所剩无几，就跨国贸易这个领域而言，由幕府控制的长崎港和平户藩治下的平户港其实是存在着竞争关系，而目前在长崎从事跨国贸易的外国商人主要是来自中国和荷兰，