随后，魏公公下令训斥真田一郎、李炎昭等人，用词极其严厉。并指示葛三郎领导之菊机关立即进行对京都朝廷的“策反”行动。
在无法保证双方会面的情况下，公公指示菊机关必须保证后水尾及皇室、京都朝廷能够留在京都，不随德川秀忠逃往江户或其余地区。
日本儒学界秘密观察团离开后，一月上旬，魏公公从整个战局出发，认为同德川秀忠之幕府中央军主力进行战略会战的时机已经成熟，命令大本营制定了第一军北上攻击京都、有喜支队攻击池田、三田一线、学文支队攻击草津，采取“关门打狗”战法，务将幕府及近藩日军关在京都附近，各个歼灭的作战方针。
史称“统一的大决战”。