他花了不少时间扩建水师，然后以大明水师的名义承接东南亚很多小国商人的任务请求，出动水师讨伐海盗，或者给那些商船护航，从万历二十四年年初开始，一直到现在，护航任务已经执行了快两年。
两年内，明军在东南亚的海面上和海盗交锋不下一百次，累计出动兵员人次超过三万次，基本上每一个士兵都参与过一次与海盗的海上战斗，在南海海域打下了赫赫声威。
三次大的海上剿匪战役打完之后，南海海域三支比较凶悍有名的海盗船队就被明军水师团灭了，团灭在明军铺天盖地的炮火之下，整个海域为之一清，海商为之欢欣鼓舞。
到现在，海盗还是有，但是已经没有成建制的大规模海盗集团了，基本上海盗见到了船上悬挂着“明”或者“萧”字样的大旗的船只就会退避三舍，不敢接近。