木叶47年底。
战争以一种让人难以想象的速度推进，木叶的战地医疗水平有了突飞猛进的发展，又有着似乎是千手柱间和宇智波斑等等不知道谁的人在战场上活动，胜利的天平开始往木叶的方向倾斜。
但就在这个时期，火影顾问志村团藏失踪，被人发现的时候他已经死在了满是木遁的实验室里，最终他私下里进行木遁实验、利用根进行战争情报交易的秘密被挖掘出来，一时间木叶风云变幻，几个顾问也不得不暂避锋芒。
就像是多米诺骨牌一样，尚存的几位顾问也先后被爆出了诸多黑料，秋道取风和转寝小春在看到战争曙光的时候果断辞职，水户门炎遭到暗杀，留下三代火影猿飞日斩一人相当茫然地看着这个结果。
三代：发生什么事了？