就连火影也没有权力干预根部的行为。
团藏甚至曾经指挥根部企图暗杀三代火影猿飞日斩，这一行为彻底揭示了根部实质上就是团藏的私人部队，其存在已经超越了木叶村的正常统治秩序。
简单来说，暗部和根部之间的根本区别就在于，暗部的忍者不会执行任何针对火影的背叛命令，但根部的成员却会毫不犹豫地听从团藏的指令，甚至不惜走向黑暗的深渊。
此外，无论是暗杀、审问还是保护等任务，暗部和根部之间并没有太大的区别。
暗部的成立初衷就是在关键时刻给予敌人致命一击，而根部则在团藏的铁腕领导下，变得更加专注于暗杀这一领域，其冷酷无情甚至超出了暗部最初的设想。
不仅如此，暗部和根部的着装也极其相似，几乎无法区分，他们都身穿黑色的背带服饰，佩戴着遮住面容的面具，身披宽大的风衣斗篷，