大西军主力出川之后，明朝在四川的军队很快就击败了西军留守兵力，攻占四川全境，不断派人往南京报捷。
弘光虽暗受大顺牵制，但听闻四川全境光复，身为朱明后人内心也是喜悦，所以对四川有功之人都是予以封赏，任命崇祯年间的东阁大学士王应熊为兵部尚书兼文渊阁大学士，总督川、湖、云、贵军务，楚、郧、贵、广悉听应熊节制，给银三万两，赐尚方宝剑。又命副都御史马乾接替接替战死的龙文光为四川巡抚。
如此上有总督，下有巡抚，四川全省又全境光复，怎么也不可能再出乱子。
可是王应熊总督川、湖、云、贵军事却让湖广总督何腾蛟大为恼火，因为如果湖北的军务由王应熊节制，那他这个湖广总督的权力岂不是一下就被分走一半。