对于码头、船厂和水师舰队的建设几乎无暇顾及，这和当时朝廷设立登莱总督的意图完全不符合。
沈有容听冯紫英介绍过，朝廷设立登莱总督的目的有三个。
第一，打造一支强大精锐的水师舰队，能够控制整个渤海乃至黑水洋和西大海，确保运输船队可以在环渤海和朝鲜任何一处登陆靠岸，这个登陆靠岸当然不单单指货物，更是指军队。
第二，尽快找到、熟悉和打通通往鲸海和虾夷地的航线，并力争控制和掌握这些航线和鲸海、虾夷地，最终实现通过海上航线联结包括乞列迷人在内的东海女真，完成对建州女真的夹击目的。
第三，建立一支精悍的登莱军，作为未来蓟辽总督麾下两镇军队的坚强后盾。
这三个目的的是又先后顺序的，第一个毫无争议的是要摆在第一位的，那么从码头到船厂的建设是首当其冲的，